公元十六世纪末，日本悍然攻打朝鲜，很快，在明代戎行的参与下日本撤兵。按和谈之约，锦衣戍卫送明代使团前去日本伏见城宣读国书，不意国书被人盗走，使团世人被杀，随团同业的公主又被日本人软禁，锦衣卫陈9、丁一在侠盗石川小夜子的帮忙下侥幸逃走，两人对是往仍是留发生不合不欢而散，陈九独闯太阁府告知了松本秀次国书被偷本相，但却被丁一擅自偷国书的行动粉碎，松本秀次酷刑鞭挞陈九，丁一满意之际摔下山崖被石川小夜子的师傅所救，丁一康复后和小夜子下山寻觅陈九，不意松本秀次的仇家伊藤家康逼上门来，三人协力克服伊藤，几往后，陈九丁一丢弃前嫌决议深切虎穴，一番混战后终究救出了公主，惜别石川小夜子，路过富士山踏上回国之路关于电影本身在日本造成的巨大声势，《妖猫传》日方监制高秀兰女士表示：其实很多日本人是喜欢并对中国历史有研究的，看过原著小说的日本观众也很有兴趣。